免疫系统活跃度降低的情况被称为免疫缺陷，导致患者无法抵抗感染。免疫缺陷可能由药物或疾病引起，也可能在出生时即存在 （即被称为原发性免疫缺陷的遗传性疾病）。包括重症联合免疫缺陷 （severe combined immune deficiency, SCID），常见变异型免疫缺陷（common variable immune deficiency, CVID），人类免疫缺陷获病毒（human immunodeficiency virus, HIV）感染/获得性免疫缺陷综合征（acquired immunodeficiency syndrome, AIDS），药物诱导的免疫缺陷，移植物抗宿主综合征几种类型。泼尼松和其他免疫抑制药物可被用于预防供体免疫细胞引起的过度器官损伤。